Το πρώτο αυτόνομο Κράτος Ελλήνων μετά την πτώση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας δημιουργήθηκε όταν οι Γάλλοι Δημοκρατικοί του Βοναπάρτη κατέλυσαν τη Γαληνοτάτη Δημοκρατία της Βενετίας, γεγονός που σήμανε το τέλος της μακραίωνης Ενετοκρατίας στις κτήσεις της Ανατολής. Το νέο αυτό κράτος ήταν η Επτάνησος Πολιτεία (1800-1807), η οποία αργότερα εξελίχθηκε στο Ιόνιο Κράτος (1815-1864), οδηγώντας στην ιστορική Ένωση με την Ελλάδα.
Η Επτάνησος Πολιτεία προέκυψε από τη Ρωσοτουρκική Συμμαχία ενάντια στον Ναπολέοντα Βοναπάρτη. Όπως αναφέρει στο ΑΠΕ-ΜΠΕ ο διδάκτωρ Ιστορίας Νίκος Κουρκουμέλης, «οι Γάλλοι έμειναν δύο χρόνια στα Επτάνησα και ακολούθησε η ανίερη συμμαχία Οθωμανών και Ρώσων. Το 1799, κατέλαβαν τα νησιά και έφτασαν στην Κέρκυρα με τον ναύαρχο Ουσακώφ και τον Καντήρ-Μπέη. Απέβαλαν τους Γάλλους και εγκαταστάθηκαν στα νησιά με σκοπό τη δημιουργία προτεκτοράτου κατά το σύστημα της Ραγούζας».
Στις 3 Μαρτίου 1800, με φιρμάνι, αναγνωρίστηκε η αυτονομία του νέου Κράτους υπό την προστασία του Σουλτάνου και την ανοχή της Ρωσίας.
Η δομή και η σημασία της Επτανήσου Πολιτείας
Η Επτάνησος Πολιτεία αποτέλεσε ένα ομοσπονδιακό κρατίδιο με δική του σημαία και Σύνταγμα 212 άρθρων, το οποίο συνέταξε ο Ζακυνθινής καταγωγής Ρώσος διπλωμάτης Γεώργιος Μοντενίγος. Είχε Γερουσία, της οποίας ο πρόεδρος ήταν και ηγεμόνας όλων των νησιών. Πρώτος ηγεμόνας υπήρξε ο πρίγκιπας Σπυρίδων Γεώργιος Θεοτόκης, ο οποίος το 1803 προσέλαβε ως Γραμματέα του Κράτους τον Ιωάννη Καποδίστρια, κατόπιν υπόδειξης του Μοντενίγου.
Η αναγνώριση της Πολιτείας επισημοποιήθηκε στις 23 Μαρτίου 1800 με λαμπρή τελετή στην Κωνσταντινούπολη και αντίστοιχη στην Αγία Πετρούπολη. Εκπρόσωποι στην Υψηλή Πύλη ήταν ο Αντώνιος-Μαρία Καποδίστριας και ο Νικόλαος-Σιγούρος Δεσύλλας.
Η πρώτη ελληνική σημαία πολεμικού σώματος
Κατά την τελετή στην Κωνσταντινούπολη παρουσιάστηκε η σημαία της Επτανήσου Πολιτείας. Ήταν μεταξωτή, κυανού χρώματος, με χρυσό φτερωτό Λέοντα του Αγίου Μάρκου στο κέντρο και επτά λόγχες που συμβόλιζαν τα νησιά. Έφερε επίσης την ένδειξη του έτους ίδρυσης, 1800.
Όπως τονίζει ο Νίκος Κουρκουμέλης, η σημαία αυτή ήταν η πρώτη στρατιωτική σημαία Ελλήνων, χρησιμοποιούμενη από τα επτανησιακά στρατεύματα που πολέμησαν στη Λευκάδα το 1807 υπό τον Ιωάννη Καποδίστρια. Κάτω από αυτήν πολέμησαν μορφές όπως ο Κατσαντώνης και ο Κολοκοτρώνης. Ο Κουρκουμέλης θέτει το ερώτημα: «Πείτε μου, γιατί δεν είναι στο Πολεμικό Μουσείο; Ίσως δεν το σκέφτηκε κανένας...».
Το 1815, οι Βρετανοί πρόσθεσαν στο πάνω αριστερό μέρος της σημαίας τρεις σταυρούς, σύμβολο της Βρετανικής Ένωσης.
Από την ακμή στην Ένωση με την Ελλάδα
Η Επτάνησος Πολιτεία βρέθηκε στο επίκεντρο των διεκδικήσεων των μεγάλων δυνάμεων. Μετά τη νίκη του Ναπολέοντα στο Αούστερλιτς και τη συνθήκη του Τιλσίτ, τα Επτάνησα επέστρεψαν στους Γάλλους. Η περίοδος αυτή χαρακτηρίστηκε από άνθιση δημοκρατικών ιδεών, ίδρυση της Ιονικής Ακαδημίας και οικοδόμηση του εμβληματικού Λιστόν στην Κέρκυρα.
Στα μέσα του 19ου αιώνα, οι Ριζοσπάστες βουλευτές του Ιονίου Κράτους άνοιξαν τον δρόμο για την Ένωση με την Ελλάδα. Ο Ύπατος Αρμοστής Λόρδος Σήτον προχώρησε σε φιλελεύθερες μεταρρυθμίσεις, ενώ το Ριζοσπαστικό κόμμα Αρχών υπέβαλε το 1850 ψήφισμα για την Ένωση, συνταγμένο από τον Ιωάννη Δετοράτο Τυπάλδο. Παρά τις αντιδράσεις και τις διώξεις, το αίτημα ρίζωσε βαθιά στην κοινωνία των Επτανήσων.
Έξι χρόνια πριν από την Ένωση, οι Βρετανοί διόρισαν προσωρινό Ύπατο Αρμοστή τον φιλέλληνα Λόρδο Γκλαντστόουν, σε μια προσπάθεια κατευνασμού των αντιδράσεων. Οι Επτανήσιοι, ωστόσο, με πρωτοστάτες τους Κεφαλλονίτες, απέρριψαν τις προτάσεις του.
«Επέδειξαν εθνική αξιοπρέπεια οι Επτανήσιοι, υπήρχε εθνικό Κράτος», σημειώνει ο Νίκος Κουρκουμέλης. Μετά από διαπραγματεύσεις, η Συνθήκη του Λονδίνου στις 29 Μαρτίου 1864 επικύρωσε την Ένωση του Ιονίου Κράτους με την Ελλάδα, η οποία τέθηκε σε ισχύ στις 21 Μαΐου 1864 με την αποχώρηση των Βρετανών από τα νησιά.